Dès le 17e siècle, les dévotions, célébrations, pèlerinages (à Pentecôte)... se développent autour des Saintes Hosties de Faverney.
Un certain nombre d'événements de l'histoire de la cité y sont directement rattachés. Heureux événements (une paralytique est guérie durant la procession de Pentecôte de 1666, des incendies sont arrêtés par la Sainte-Hostie portée en procession en 1726 et en 1753...) ou malheurs (en 1746, près de cent pèlerins se noient quand le bac qui devait leur permettre de traverser la Lanterne coule au fond de la rivière !).
19e siècle
En 1864, le pèlerinage de Pentecôte revêt une dimension exceptionnelle. Un an plus tôt en effet, le Pape Pie IX a reconnu solennellement le "prodige de 1608".
En 1878, Faverney accueille le "pèlerinage-congrès" à l'Hostie miraculeuse. Le 3 septembre, plus de 30000 personnes se dirigent en une interminable procession, vers le lieu du rassemblement, au pied de la Goulotte. Les cantiques retentissent : "O Sainte Hostie auprès de toi, je viens puiser la vie...". Les prédications enflammées se succèdent : "La France est ici, elle se prosterne aux pieds de Dieu et lui jure une fidélité inviolable !". Le lendemain, le congrès proprement dit propose temps de travail, de prise de parole, de réflexion, d’écoute...
20e siècle
En mai 1908, un Congrès Eucharistique National commémore le 3e centenaire du Miracle. Pendant trois jours, les congressistes participent aux célébrations mais aussi aux séances de travail consacrées au miracle de 1608. Le dimanche 24 mai au matin, il pleut ! Des milliers de pèlerins convergent pourtant vers Faverney et son église. Il pleut sans cesse ! La grande messe ne peut être célébrée ; la procession vers le reposoir est remplacée par trois saluts au Saint Sacrement... Et la pluie tombe toujours quand les pèlerins (plusieurs dizaines de milliers) commencent à quitter la cité du Miracle. Longtemps, paraît-il, on dira, quand il faisait une grande pluie : "Il pleut comme à Faverney pour la clôture du congrès !"
Lundi 26 mai 1958, pour l'ouverture du Congrès Eucharistique, 20 000 pèlerins convergent vers le terrain de football.Prêtres et prélats entourent le Cardinal Feltin pour la messe. Allocutions et homélies prennent largement en compte les préoccupations du moment : "luttes et divisions déchirent la France... "Dieu et Patrie", cette fière devise comtoise restera à jamais notre rempart contre la vague de matérialisme qui déferle sur notre monde moderne"... Le lendemain, c'est la journée des prêtres et religieuses alors que le mercredi est consacré à l'accueil des malades du diocèse...
Jeudi enfin, "apothéose d'un bouquet parfaitement réussi", 15 000 enfants venus de tout le diocèse se rassemblent sur le stade de football pour une journée de célébrations, de prières et de chants.
2008 : le 4e centenaire
Au mois de mai de cette année 2008, célébrations religieuses, manifestations historiques, festives et culturelles (spectacles, concerts, conférences, expositions...) furent à la dimension de l'évènement. Plusieurs milliers de personnes, entre le 7 et le 25 mai, sont venues dans notre cité pour participer à la fête. Faverney a tout mis en oeuvre pour les accueillir et partager avec elles ces moments exceptionnels qui, sans aucun doute, resteront dans les mémoires.